Table 2 of Seddon, Mol Vis 2010; 16:2412-2424. Table 2 of Seddon, Mol Vis 2010; 16:2412-2424.
Table 2. Associations between hepatic lipase-C (LIPC) genotypes and ather AMD related genetic variants
| Controls | Geographic atrophy | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CC | CT | TT | CC | CT | TT | |||||||||
| LIPC: rs10468017 Genotype | N | % | N | % | N | % | p value* | N | % | N | % | N | % | p value* |
| CFH: rs1061170 (Y402H) | ||||||||||||||
| TT | 42 | (33) | 57 | (47) | 14 | (54) | 14 | (17) | 8 | (16) | 1 | (14) | ||
| CT | 67 | (52) | 48 | (40) | 8 | (31) | 32 | (39) | 20 | (40) | 3 | (43) | ||
| CC | 19 | (15) | 16 | (13) | 4 | (15) | 0.096 | 36 | (44) | 22 | (44) | 3 | (43) | 0.86 |
| CFH: rs1410996 | ||||||||||||||
| TT | 16 | (13) | 25 | (21) | 6 | (23) | 1 | (1) | 2 | (4) | 1 | (14) | ||
| CT | 65 | (51) | 64 | (53) | 14 | (54) | 27 | (33) | 11 | (22) | 3 | (43) | ||
| CC | 47 | (37) | 32 | (27) | 6 | (23) | 0.23 | 54 | (66) | 37 | (74) | 3 | (43) | 0.035 |
| ARMS2/HTRA1: rs10490924 | ||||||||||||||
| GG | 89 | (70) | 78 | (65) | 16 | (62) | 27 | (33) | 21 | (42) | 3 | (43) | ||
| GT | 34 | (28) | 39 | (32) | 10 | (39) | 40 | (49) | 24 | (48) | 4 | (57) | ||
| TT | 3 | (2) | 4 | (3) | 0 | 0.0 | 0.60 | 15 | (18) | 5 | (10) | 0 | 0.0 | 0.18 |
| CFB: rs641153 (R32Q) | ||||||||||||||
| CC | 101 | (79) | 91 | (75) | 19 | (73) | 76 | (93) | 47 | (94) | 7 | 100.0 | ||
| CT/TT | 27 | (21) | 30 | (25) | 7 | (27) | 0.57 | 6 | (7) | 3 | (6) | 0 | 0.0 | 0.45 |
| C2: rs9332739 (E318D) | ||||||||||||||
| GG | 116 | (91) | 106 | (88) | 24 | (92) | 79 | (96) | 49 | (98) | 7 | 100.0 | ||
| CG/CC | 12 | (9) | 15 | (12) | 2 | (8) | 0.71 | 3 | (4) | 1 | (2) | 0 | 0.0 | 0.57 |
| C3: rs2230199 (R102H) | ||||||||||||||
| CC | 82 | (64) | 74 | (61) | 14 | (54) | 42 | (51) | 25 | (50) | 4 | (57) | ||
| CG | 44 | (34) | 40 | (33) | 11 | (42) | 33 | (40) | 23 | (46) | 2 | (29) | ||
| GG | 2 | (2) | 7 | (6) | 1 | (4) | 0.60 | 7 | (9) | 2 | (4) | 1 | (14) | 0.66 |
| CFI: rs10033900 | ||||||||||||||
| CC | 36 | (28) | 40 | (33) | 11 | (42) | 18 | (22) | 7 | (14) | 1 | (14) | ||
| CT | 59 | (46) | 64 | (53) | 11 | (42) | 40 | (49) | 28 | (56) | 4 | (57) | ||
| TT | 33 | (26) | 17 | (14) | 4 | (15) | 0.30 | 24 | (29) | 15 | (30) | 2 | (29) | 0.99 |
| Neovascular AMD | Combined Advanced AMD | |||||||||||||
| LIPC: rs10468017 genotype | CC | CT | TT | CC | CT | TT | ||||||||
| N | % | N | % | N | % | p value* | N | % | N | % | N | % | p value* | |
| CFH: rs1061170 (Y402H) | ||||||||||||||
| TT | 37 | (18) | 24 | (14) | 4 | (19) | 51 | (17) | 32 | (14) | 5 | (18) | ||
| CT | 98 | (47) | 77 | (44) | 9 | (43) | 130 | (44) | 97 | (43) | 12 | (43) | ||
| CC | 76 | (36) | 73 | (42) | 8 | (38) | 0.88 | 112 | (38) | 95 | (42) | 11 | (39) | 0.10 |
| CFH: rs1410996 | ||||||||||||||
| TT | 10 | (5) | 5 | (3) | 1 | (5) | 11 | (4) | 7 | (3) | 2 | (7) | ||
| CT | 62 | (29) | 44 | (25) | 6 | (29) | 89 | (30) | 55 | (25) | 9 | (32) | ||
| CC | 139 | (66) | 125 | (72) | 14 | (67) | 0.99 | 193 | (66) | 162 | (72) | 17 | (61) | 0.34 |
| ARMS2/HTRA1rs10490924 | ||||||||||||||
| GG | 62 | (29) | 48 | (28) | 6 | (29) | 89 | (30) | 69 | (31) | 9 | (32) | ||
| GT | 108 | (51) | 83 | (48) | 8 | (38) | 148 | (51) | 107 | (48) | 12 | (43) | ||
| TT | 41 | (19) | 43 | (25) | 7 | (33) | 0.16 | 56 | (19) | 48 | (21) | 7 | (25) | 0.49 |
| CFB: rs641153 (R32Q) | ||||||||||||||
| CC | 191 | (90) | 162 | (93) | 20 | (95) | 267 | (91) | 209 | (93) | 27 | (96) | ||
| CT/TT | 20 | (10) | 12 | (7) | 1 | (5) | 0.45 | 26 | (9) | 15 | (7) | 1 | (4) | 0.31 |
| C2: rs9332739 (E318D) | ||||||||||||||
| GG | 197 | (93) | 167 | (96) | 21 | 100 | 276 | (94) | 216 | (96) | 28 | 100.0 | ||
| CG/CC | 14 | (7) | 7 | (4) | 0 | 0.0 | 0.19 | 17 | (6) | 8 | (4) | 0 | 0.0 | 0.16 |
| C3: rs2230199 (R102H) | ||||||||||||||
| CC | 98 | (47) | 88 | (51) | 10 | (48) | 140 | (48) | 113 | (50) | 14 | (50) | ||
| CG | 95 | (45) | 72 | (41) | 10 | (48) | 128 | (44) | 95 | (42) | 12 | (43) | ||
| GG | 18 | (9) | 14 | (8) | 1 | (5) | 0.56 | 25 | (9) | 16 | (7) | 2 | (7) | 0.77 |
| CFI: rs10033900 | ||||||||||||||
| CC | 47 | (22) | 41 | (24) | 6 | (29) | 65 | (22) | 48 | (21) | 7 | (25) | ||
| CT | 118 | (56) | 76 | (44) | 12 | (57) | 158 | (54) | 104 | (46) | 16 | (57) | ||
| TT | 46 | (22) | 57 | (33) | 3 | (14) | 0.44 | 70 | (24) | 72 | (32) | 5 | (18) | 0.50 |