Table 2 of Fan, Mol Vis 2008; 14:2484-2491.


Table 2. Single-SNP association of homocysteine genes with PXFS, PXFG and PXFNG.

Gene SNP Minor
allele
Minor allele frequency p value*
PXFS PXFG PXFNG Controls PXFS PXFG PXFNG
MTHFR rs1801131 C 0.348 0.368 0.295 0.370 0.79 1.00 0.45
MTHFR rs1801133 T 0.363 0.369 0.348 0.360 1.00 1.00 1.00
MTHFR rs17037396 T 0.087 0.110 0.037 0.094 0.85 0.70 0.26
MTR rs12096955 T 0.400 0.407 0.385 0.346 0.32 0.33 0.62
MTR rs2229274 A 0.018 0.016 0.023 0.035 0.45 0.43 1.00
MTR rs1805087 G 0.188 0.203 0.141 0.212 0.47 0.83 0.16
MTRR rs326122 G 0.196 0.190 0.212 0.180 0.78 0.88 0.69
MTRR rs1532268 T 0.315 0.328 0.283 0.435 0.053 0.10 0.10
MTRR rs161870 A 0.477 0.468 0.500 0.488 0.89 0.88 1.00
MTRR rs162036 A 0.161 0.175 0.130 0.143 0.66 0.52 1.00
MTHFD1 rs8006686 C 0.213 0.225 0.185 0.115 0.015 0.015 0.25
MTHFD1 rs2236225 T 0.453 0.434 0.489 0.479 0.56 0.33 0.62
MTHFD1 rs11627387 G 0.271 0.272 0.269 0.267 1.00 1.00 1.00
CBS rs2124459 C 0.426 0.401 0.471 0.374 0.33 0.65 0.13
CBS rs1801181 T 0.338 0.328 0.369 0.335 1.00 0.92 0.59
CBS rs5742905 C 0.092 0.098 0.076 0.065 0.28 0.25 0.81
CBS rs234715 G 0.210 0.218 0.176 0.225 0.80 1.00 0.65