Figure 3 of
Otteson, Mol Vis 2005;
11:986-995.Figure 3 of
Otteson, Mol Vis 2005;
11:986-995.
Figure 3. Genomic organization and sequence of zebrafish crx
Consensus genomic sequence of zebrafish crx obtained from wild-type sibs in the mokm632 background. Exons are in capital letters with the coding sequence shown in blue; introns are in lower case. Bases in purple indicate intron 1 sequence from Sanger contig (zc12909). Three regions of sequence variability located in exon 1 (orange), intron 2 (red), and exon 3 (green) are shown in detail in Figure 4.
EXON1
CGGCACGAGGCTCATAGTGTCCCGCTCCTGTCCGGTCTTACCCAAGGGACACGGGCCTTTACCAACGCCAAAACTCTGAC 80
CAAGAGCCAGCAACTTTTGTGCATATAGACATTTATTTGTTCTTTAACTCACATTAAGGGTCTATTATTGGATATTTAGA 160
GCGATAGTAATGGTAGATTGGTAGTTAAACTTGGGCAAAAGTGTAAGCTTATTGAAGACAGCGAGTAGCGCGCGCGCGAG 240
CATCTACAGGTGTTTGAGGAGCACAGACACGCGCCAGGCGCGAGCACAGACACGAGACCCCAGACCCGTAACACAGCGTC 320
GCAGAGAAAAAAGAGAGTGAGAGAGGGGTGAGAGAGGGAGGGAGAGAGAGAGATAGAGAGCAATAGAGAGAGTGTGCGAG 400
AGACGCGGCCGTCCCAAGAATGATGTCCTACATAAAGCAGCCCCATTATGCTGTGAACGGGTTAACACTGTCCGCCTCAG 480
GAATGGACCTGCTCCACACCGCCGTCGGCTACCCAGgtcagttcattctcattaatcattaatggtgtttctgttagacg 560
ttttataattttttttgtgtccaatgaactgaaaagagaggggtaaagcacaactcaagtataacctcgttttcctttca 640
tttgatataataacctatccgcatttccaatctacaatttaagaaacgtgcatttactaagcgatagcttgaccacatta 720
attgcacttgctcacgtaataacaaacgcactgcccacgttcaaacagaaataaattacgtaagcacgagcattaagttt 800
ggaaatacaaggtttgagaatttttcgtagtgcaattttattacatacattaaaaaagttagcctatcttttagtttttt 880
gcttattagctatacaaaattacttttagccaattatgaagccattacagattttaaatctacaaagttgtttttcccta 960
ttgttacaagaaaatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc 1040
tatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatcaaacattttaat 1120
gactttaacaggctcttattaaaatgcttaaaactgatgctgcactctacatgatgacaagtgggaaacctcctgaattt 1200
EXON2
gttttaagctgagtgattgttcatatttgtatgtatagCCACTCCGAGGAAGCAGCGTCGAGAGCGCACCACCTTCACTC 1280
GCACCCAGCTGGACATTCTGGAAGCTTTGTTCACCAAAACACGCTATCCAGACATATTTATGAGAGAAGAGGTAGCTCTG 1360
AAAATCAACCTTCCCGAGTCCAGAGTTCAGgtgagtcctctgatgcctctcacacatccttctcaacacgttctcttgtg 1440
tctagcagaaactcatgatgtccataaagttatgaatttaatctatctatctatctatctatctatctatctatctatct 1520
atctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatccatctatccatccatccatccatccatccatcc 1600
atccatccatccattcatccatctaacacttggttgctgtaatttaaataatgttgactgtatacacatgcaactaagaa 1680
ttcgaaaataagtgtgaatctaatctaatttgttaaattgcacttactgaaaatgacaaaaacattgacgattagtgtga 1760
cgattaggcctgttattggttcagatgaccacagattaggcatgagatgatagtttctatagtatattcattccttgatc 1840
tgcaatgaaataagccagccatttggttaaatttcttaatcaatttttaacacaaaaaagtttgtatttttatattttac 1920
EXON3
ccaaatttgtcttaaaacaatccatcaataacatcaataactccattgttgtttcttcagGTGTGGTTTAAGAACCGTCG 2000
TGCTAAATGCCGCCAGCAGCAGCAGCAGACCAGCGGTCAGCCCAAGCCCCGTCCCCCCAAAAAGAAGTCCTCCCCTCCCC 2080
CTGATCTGACCTCTGACCCTGGCACTAGCTCCTCGGTGGTGGCTGCCCCGACCCCGACCGTGCCCCCTAGTGTGAGCGCA 2160
GGCACAGCACCAGTTTCTGTATGGAGTCCCACTTCTCTTTCCCCCCTCCCTGATCCACTGTGTGGTTCAGGCACCCCCTG 2240
CGTGCAGCGTCCTGCTCCATATCCCATGAGCTACGGTCAGCCCTCTTCCTACAGCCAGGGCTATGGCTCTTCTCCTTACT 2320
TCAGCGGATTGGATTGCAGCCCGTACCTTTCTCCCATGACCACCCAGCTGTCAGCAAGTGGAGGCGCCCTCTCCCCCCTC 2400
ACCGTGCCCTCCATGGGCGGCTCGCTCAGCCAGTCGCCCTCTCTCTCCTCCCAGGGATACAGCACTGCGTCGTTGGGCTT 2480
CAGTTCGGTAGACTGCCTTGACTACAAGGACCAGCAGGCCTGGAAGCTCAACTTCAGCACTGTGGACTGCCTCGACCACA 2560
AATTCCAGGTGCTGTAGAAAAGAAAGTGAGAGAGAGAGAGAGTGAAGCGCGAGAGGGAAAGACATATGCGTGAAGAAGAA 2640
ATGATGCAGAACTATTGCCGGAGACATTGTGATGATGAACAGGACTGAATCAGCGTGATTCATGTGATCTTAGAGGTGAA 2720
AAAAGGAGCACCCATTTTGGAACAGGTGAAGACTGTTCCTCTGTAATCCAGATCTGCTCTGTGATTGGCTGAGATTGAAG 2800
GGACTCTTCAAGTCTACTGATCAGTCATCATTATTAACCATTTACCTCACACATGCACACACCATTGACTAACTTTCACA 2880
ATGCATACACACAAACACACATTGGTATTAATGGTTTATAAGGACATGCCATTGGCATTATGTATTTTATACAGTTAAAA 2960
CCATTTTTATATGACCCCACCCCTAAATCTGACCCTTCCAAGAAATCTGTGGCACATTTGAAATGTCAATTTAAGCATTT 3040
TGAATTACAAGGACATAAGAAATGTCCTCATAAACCACAGCAATGTTGTAATTCCTAGGTCATACCCATGTCATTATACA 3120
TTTCTGTCCTTGTAAACCACAAAAACCAGTACACACAGAAACAAAGACATGCACATAACTGGAGGGGAATCTGTGTTTGT 3200
TTGTTTTTTTGCAGATACAGTTAGCTTATTGTTGGACAAAGTTGTTCTTTCTACTTTTTTCATGAGTTTGGTTTGGTTTG 3380
TCTGTACTGGGAGACATTAGGAGTTCTTGTGTCGTGCTTTTAGCTTGCTGTTATTTATGTATCGTTAAATTATGTTAACT 3460
TATAACAAATAATGTTGTTTTCTGTTAGTTTGAGTTAATCGTTACTAATTAAACTTCATTTAATGGCATCGTATGCATGC 3540
TGTCGACATATGTTTTCTATTTGGGTGACCTTGTGTTGAAAAATGTTGGTGTTTACAAATGTCATTATGTTGCTTTGACT 3620
GAA 3623
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